Gebruikers van Windows 98 zullen in Windows ME lang moeten zoeken naar Controle systeembestanden (System File Checker), omdat dit onderdeel een andere plaats heeft gekregen. Bovendien is de werking enigszins gewijzigd ten opzichte van voorganger Windows 98. De controle van systeembestanden gebeurt in Windows ME volautomatisch. Wilt u handmatig een (systeem)bestand van de Windows ME cd-rom uitpakken en het huidige bestand overschrijven door het pas uitgepakte bestand? Dan start u MSCONFIG (Start/Uitvoeren/ MSCONFIG). Op het tabblad Algemeen klikt u op de knop Bestand uitpakken. Het venster Eén bestand van de Setup-diskette uitpakken verschijnt. Klik op de knop Bladeren en lokaliseer het gewenste systeembestand. Klik op Starten en geef de bron- en doel locatie van het systeembestand op, waarna u op de knop OK klikt. Het uitpakproces wordt gestart.