De Real-Modus is uit Windows ME verwijderd. Dit wil zeggen dat Windows ME niet langer gebruik maakt van de opstartbestanden CONFIG.SYS en AUTOEXEC.BAT. Alle instellingen die zich in deze bestanden bevinden worden door Windows ME opgeslagen in het Windows-register. De meeste toepassingen zullen geen problemen hebben met deze nieuwe werkwijze, maar helaas is het niet uitgesloten dat bepaalde toepassingen niet langer (correct) functioneren in Windows ME. Hierbij kunt u denken aan bepaalde software, zoals partitie managers. Hebt u problemen met het gebruik van een toepassing, informeer dan bij de leverancier van dit programma naar een bijgewerkte versie van het programma, die wel geschikt is voor Windows ME.